В октябре 1991 года музей получает статус Государственного историко-культурного музея- заповедника “Московский Кремль”
С начала 90-х годов круг деятельности музея расширяется. Развиваются международные связи, все большее место в работе музея занимает выставочная и издательская работа. Все это приводит к изменениям в структуре музея и расширению штата. Новые формы работы с посетителями приводят к созданию Экскурсионно-туристического центра и введению в штат должности заместителя директора по работе с посетителями. Задачи расширения сферы деятельности музея требуют создания новых и улучшения имеющихся рабочих площадей, поэтому создаются и расширяются строительные, технические и хозяйственные структуры. Потребности современного технического оснащения музейного дела приводят к созданию отдела информационных систем и отдела музейного видео.
Деятельность музея в этот период регламентируется Положением о Государственном историко-культурном музее-заповеднике “Московский Кремль” утвержденном постановлением Правительства Российской Федерации 6 июля 1994 г. с внесенными в него в ноябре того же года изменениями.