В июле 1922 года утверждается новое Положение о музее и его новое название - Государственный музей декоративного искусства “Оружейная палата”. В музей входят Оружейная палата, соборы Кремля и Дом боярина 17 века, который являлся филиалом Оружейной палаты уже в середине 19 века.
Огромное значение в организации работы музея в этот период приобретает созданный в 1922 г. Ученый совет. На его заседаниях решались как проблемы, определявшие основные направления деятельности музея, так и вопросы текущей работы.
Одним из самых драматических периодов в истории кремлевского музея стала работа Комиссии особо уполномоченного ЦИК СНК по учету и сосредоточению ценностей придворного ведомства в январе-сентябре 1922г. Комиссия начала работу с просмотра того, что особенно интересовало Гохран - с коронных ценностей. По воспоминаниям Дмитрия Дмитриевича Иванова, назначенного на должность заведующего Оружейной палатой в апреле 1922г., после скоропостижной смерти М.С. Сергеева, сотрудники музея испытывали “в самой тяжелой форме удручающий гнет крайне резких притязаний Гохрана”. Их мало интересовала историческая или художественная значимость того или иного экспоната, они видели только его материальную стоимость “безоглядно требуя обезличения и скорейшего использования драгоценных металлов и камней”. М.С. Сергеев и Д.Д. Иванов, представлявшие музей, всеми доступными им средствами добивались сохранения музейных ценностей. В результате этой борьбы сотрудникам музея удалось отстоять многое из того, что непременно погибло бы, будь их позиция менее принципиальной. Борьба за возвращение изъятых экспонатов продолжалась и после завершения работы комиссии. С августа 1923 по июнь 1924 года в Оружейную палату было возвращено 39.758 предметов (в том числе 22.243 монеты нумизматической коллекции).
Важным этапом в развитии музея стало включение в его состав всех церквей и монастырей Московского Кремля. В этот период начинается подготовка к музейному показу кремлевских храмов. Стремясь сохранить их историко-художественные комплексы, в концепции экспозиции сотрудники музея подчеркивают бытовое и декоративное значение памятников, избегая напоминать об их культовом назначении. Огромный ущерб соборам был нанесен в 1922 г. изъятием ценностей в Помгол.