В конце 1885 года происходит реорганизация Министерства императорского двора. Упраздняется Московская дворцовая контора, её функции передаются Московскому дворцовому управлению, штат которого в целях экономии значительно сокращается.
С 1 января 1886 года сотрудники палаты полностью входят в штат дворцового управления. Должности директора и помощников директора Оружейной палаты были ликвидированы, вместо них вводились должности двух хранителей.
Сложившаяся система управления Московской Оружейной палатой с полным отсутствием самостоятельности не только в решении финансовых и административных, но и чисто музейных вопросов, не могла не мешать развитию музея. Затрудняются контакты с другими музеями России. Полная зависимость от произвола чиновников дворцового ведомства в решении кадровых вопросов приводит, например, к увольнению из Оружейной палаты в 1893 году одного из самых известных её сотрудников Г.Д. Филимонова. Однако, не смотря на некоторое противодействие со стороны научной общественности, установившаяся структура практически сохраняется до осени 1918 года.
Хранителями палаты назначаются бывшие помощники директора Г.Д.Филимонов (до 1893г.) и Н.И.Чаев (до 1888г.). В последующие годы эти должности занимали: академик архитектуры А. М. Павлинов (1888- 1898), А.Е. Комаровский (1893- 1898), В.К. Трутовский (с 1898г.) и Ю.В. Арсеньев (1898 - 1919).
Хранители несли ответственность за состояние и сохранение коллекций музея. Продолжалась работа по научному изучению экспонатов музея и изданию многотомной Описи (1884-1893). Авторитет сотрудников Оружейной палаты среди исследователей был очень высок. А.Е.Викторов, Г.Д.Филимонов, А.М. Павлинов, В.К.Трутовский, А. И.Успенский являлись членами Императорского Московского Археологического общества. В.К.Трутовский был председателем Московского нумизматического общества.
Существенные изменения в работу музея вносит Первая мировая война. По мере продвижения немецких войск, в Оружейную палату эвакуируются ценности из других музеев. Залы музея заполняются ящиками, к ноябрю их было около 2000. В них хранилось около 10000 предметов. Прекращается доступ публики в музей. Отсутствие финансирования приводит к свёртыванию многих видов музейной работы.
Февральская революция 1917 года вызвала бурный интерес общественности к сокровищам Московского Кремля. Известные историки и искусствоведы разрабатывают планы превращения Кремля в город-музей. Однако события осени 1917 года, переезд в Москву советского правительства, начавшаяся гражданская война совершенно по-новому ставят проблемы организации музейного дела и сохранения ценностей, находившихся в Московском Кремле.
Во время ноябрьских боев в Москве хранителям и сотрудникам музея, находившимся в здании Оружейной палаты, удалось сберечь хранившиеся в ней сокровища. После взятия Кремля отрядами красногвардейцев у дверей палаты немедленно были поставлены посты охраны. В акте осмотра музея в ноябре 1917 года отмечено, что Оружейная палата “повреждений не имеет. Местами разбиты пулями стекла и пострадали от пулеметного огня фасадные части” здания.
Вопрос ведомственного подчинения музея в период с февраля 1917 по осень 1918 года достаточно не определен в силу организационного хаоса того времени.