В собрании Музеев Московского Кремля хранится около трех тысяч икон. Исторически сложившийся комплекс охватывает период с конца XI до начала XX столетия. Основное ядро собрания составляют памятники иконописи, создававшиеся для украшения соборов, царских и патриарших палат, молелен Московского Кремля.
По ранним иконам, украшавшим первые каменные соборы XIV века, можно составить представление о становлении московской школы живописи. Среди них иконы «Троица», «Спас Ярое Око», «Спас Оплечный», «Спас Нерукотворный» XIV века из Успенского собора, икона «Архангел Михаил, с деяниями» конца XIV века из Архангельского собора. В Благовещенском соборе сохраняется самый древний многоярусный иконостас, включающий произведения конца XIV – начала XV столетия круга Феофана Грека и Андрея Рублева.
К концу XV – началу XVI века относятся произведения Дионисия и его мастерской, оформлявшие интерьер только что отстроенного Успенского собора Аристотеля Фиораванти. Среди них икона первого Московского Митрополита Петра с житийными клеймами.
Значительное количество произведений иконописи сохранилось от времени оформления соборов при первом русском царе Иване IV (Грозном) в середине – второй половине XVI века. В Благовещенском соборе находятся уникальные комплексы иконостасов, созданных для небольших приделов грозненского времени.
В тот период становления Москвы как столицы единого Российского государства в Кремль привозили прославленные святыни из других русских центров. В Успенском соборе находится древнейший памятник собрания – привезенная из Новгорода двусторонняя икона «Богоматерь Одигитрия» и «Святой Георгий» рубежа XI–XII веков.
В 17 столетии при первых царях династии Романовых в мастерских Оружейной палаты в Кремле работают царские иконописцы, которые создают комплексы многоярусных иконостасов для церкви Ризположения (иконописец Назарий Истомин Савин), Успенского (1653) и Архангельского соборов (1679–1681). В это время в Кремле также работают царские изографы Яков Казанец, Никита Павловец, Михаил Милютин, Симон Ушаков и другие.
В фондах Музеев Московского Кремля хранятся иконы из разрушенных в 30-е годы XX века архитектурных памятников Московского Кремля – Чудова и Вознесенского монастырей, собора Спаса на Бору и других. В 20–30-е годы XX века в фонды Музея была передана часть икон из упраздненного Соловецкого монастыря.