Благовещенский иконостас включает почти сто икон, поставленных друг над другом в шесть рядов: местный, пядничный, деисусный, праздничный, пророческий, праотеческий (снизу вверх).
В древности икон было больше, так как часть из них стояла "в заворот", то есть заходила на северную и южную стены собора. Сейчас подобное расположение икон сохранилось только в нижнем ярусе иконостаса.
Высокий многоярусный иконостас становится средоточием русского храма с конца XIV – начала XV века. Смысл высокого иконостаса, который со временем превратился в глухую стену, полностью скрывавшую алтарь от взоров молящихся, теснейшим образом связан с ходом и текстами церковной службы. Высокий иконостас явился своего рода ее живописной интерпретацией. В истории его развития на Руси иконам деисусного и праздничного рядов Благовещенского собора принадлежит исключительная роль как самым древним из сохранившихся. Эти иконы созданы в эпоху расцвета русской культуры на рубеже XIV–XV веков, давно признаны центральным памятником московской школы иконописи.
С XIX столетия внимание любителей искусства привлекают иконы деисусного и праздничного рядов Благовещенского иконостаса, в частности вопрос об их авторстве. Сначала он возник в связи с летописным текстом 1405 года, сообщавшим об украшении стенописью древнего Благовещенского собора, стоявшего на месте ныне существующего, Феофаном Греком, Старцем Прохором с Городца и чернецом Андреем Рублевым. Этими же мастерами, по мнению ученых того времени и были написаны иконы.
Интерес к древним иконам возрос после 1918 года, когда первоначальная живопись, освобожденная реставраторами из-под поздних записей, вновь увидела свет во всем художественном совершенстве. Научные дискуссии об авторстве икон деисусного и праздничного рядов разгорелись с новой силой в конце 1970-х – первой половине 1980-х годов в связи с появлением современных технических методов изучения. Хотя датировка икон принципиально не изменилась, имена Феофана Грека, Адрея Рублева и Прохора с Городца как авторов до сих пор остаются предметом разногласий ученых.