4-5 октября 2005 года в конференц-зале Музеев Московского Кремля прошла научная конференция "Царь Алексей Михайлович и патриарх Никон". Со вступительным словом выступил научный руководитель музея Алексей Константинович Левыкин. Он подчеркнул, что конференция проходит в рамках подготовки к 200-летию Музеев Московского Кремля, рассказал о реставрации Одностолпной палаты Патриаршего дворца, об открытии в этом новом выставочном зале музея выставки, посвященной царю Алексею Михайловичу и патриарху Никону. Алексей Константинович подчеркнул взаимосвязь тематики конференции, выставки и места ее организации. Среди причин, определивших тематику выставки и конференции, были названы крупные юбилейные даты - триста шестьдесят лет с момента вступления на престол второго представителя династии Романовых - царя Алексея Михайловича, и четыреста лет от рождения патриарха Никона. Но главная причина столь пристального внимания к личностям царя и патриарха, по мнению А.К.Левыкина, заключается в том, что в середине XVII века происходили события, которые во многих моментах предопределили будущее России, заложили основы ее могущества и процветания.
В ходе конференции был обсужден широкий спектр вопросов. Ряд докладов отличался широтой тематики и был посвящен таким сложным темам как идейная направленность церковной реформы середины XVII века и степень ее изученности, характер отношения царя и патриарха к «иноверцам», отношение царя и патриарха к иконам, написанным в живописной манере с использованием западных иконографических образцов и т.д. Значительная часть докладов была посвящена введению в научный оборот новых письменных и изобразительных источников, предоставляющих возможность расширить и углубить представления о характере личных взаимоотношений царя и патриарха, о денежной реформе середины века, о влиянии реформ Никона на круг церковного пения и т.д.
Большой интерес вызвали доклады научных сотрудников Музеев Московского Кремля, посвященные представлению и анализу музейных собраний грамот, саккосов, знамен, патрональных икон, связанных своим происхождением и использованием с личностями царя Алексея Михайловича и патриарха Никона.