В 1991 г. решением Госкомимущества СССР и Моссовета музею для его развития передана бывшая городская усадьба Гедеоновых, построенная в 1824 г. и расположенная по Манежной улице, дом 7. С 1996 г. по утвержденному проекту проводится реставрация — реконструкция усадьбы для размещения в ней музейных служб с целью освобождения некоторых памятников Соборной площади под экспозицию.
В 2001 г. ансамблю присвоен статус памятника истории и культуры местного значения.
В 2003 году продолжена реставрация и приспособление бывшей усадьбы под научные и административно-хозяйственные службы Музея.
В 2004 г. сдано в эксплуатацию здание флигеля, здесь разместились представительские помещения дирекции и некоторые научные отделы музея.
В 2007 году завершилась реставрация — реконструкция ансамбля усадьбы Гедеоновых на ул. Манежная, дом 7. Отреставрирован главный дом усадьбы, здесь восстановлена первоначальная планировка помещений и их декоративная отделка. По западной границе участка воссоздано находившееся в аварийном состоянии здание конюшенного двора. Во флигеле, реставрация которого закончилась в 2006 году, разместились научные отделы музея.
В 2008 году на территорию усадьбы предполагается переместить часть научных отделов и музейных служб, располагающихся в настоящее время в архитектурных памятниках Кремля и в зданиях по ул. Волхонка.