В ноябре 2006 года в интерьере собора началась реставрация пола из чугунных плит. Работы включают снятие предварительно промаркированных плит, механическую и химическую очистку нижней и боковых граней плит от грязи и коррозии, обработку их специальным антикоррозийным составом, ремонт бетонного основания под покрытие пола, последующую укладку плит на место на выравнивающие прокладки и заделку швов между плитами герметизирующим составом. Работа производится отдельными участками за специальной выгородкой, без закрытия собора для посетителей. Очистка и антикоррозийная обработка плит выполняется в специально отведенном помещении вне собора. Реставрация пола продолжается в текущем году. Параллельно произведена замена разрушенных коррозией конструкций обрамлений люков, ведущих в подпольное пространство, организованное в 1970-х годах при проведении работ по укреплению фундаментов собора и сопутствующих им археологических исследований. Подпольное пространство оставлено для изучения сохранившихся здесь фрагментов предшествующих соборных построек. В северо-западном подполье проведены исследования по проверке несущей способности опорных конструкций и перекрытия над подвалом и выполняется вновь их антикоррозийная защита.
На крыше собора осенью 2006 года выполнено новое герметичное примыкание медной кровли к стенам центрального барабана, а также произведена запайка механических повреждений в медном покрытии. Технология работ аналогична примененной на кровле Архангельского собора.