由于20世纪的最后十年俄罗斯社会经济发生巨大变化，博物馆管理机构及地位也发生了重大调整。

根据2001年4月7日俄联邦总统令，俄联邦政府于2001年7月19日批准了《联邦国家机构——“莫斯科克里姆林宫”国家历史文化博物馆章程》。

新章程规定，博物馆保存、研究和普及馆藏文物的基本职能不变，博物馆依然是俄联邦文化部管辖的独立、非商业机构，同时博物馆作为俄罗斯人民的宝贵文化遗产，俄联邦政府有义务为其运作创造必要的法律、物质和技术条件，以保证博物馆藏品得以完好保存。

为便于对博物馆工作进行总体管理，博物馆于2001年4月设立总馆长一职，由加加林娜出任该职。同时，还设立了科学馆长一职，负责领导博物馆科研和展览工作，由列维金出任该职。这两个职务由俄联邦政府根据文化部举荐进行任命。