1929年下半年，博物馆形势变得十分紧张。1929年12月1日，伊万诺夫辞去馆长职务，翌年1月13日逝世。

30年代是博物馆的悲惨时期，几乎所有骨干科研工作者都相继辞职，其中一部分人遭受迫害。1934年，受所谓“克里姆林宫事件”牵连负责科研工作的副馆长克莱因被捕。在伊万诺夫辞职后，一些既没有学识又没有博物馆工作经验的人先后担任馆长职务。博物馆的科研工作处于停顿状态，博物馆被划入克里姆林宫禁区，极少有人获准参观。尽管如此，博物馆内按照新思想重新布置展厅的工作却仍在继续。