1991年10月，博物馆被命名为“莫斯科克里姆林宫”国家历史文化博物馆。

从90年代初开始，博物馆的活动范围不断扩大，国际合作不断加强，展览和出版工作在博物馆工作中所占的比重越来越大。为适应发展需要，博物馆机构不断调整，人员编制进一步扩大，设立了旅游观光中心用以接待游客，增设了负责旅游事务的副馆长职务，此外还增设或扩充了建设、技术和经营部门。为满足博物馆现代技术装备发展需要，成立了信息系统部和影像部。

1994年7月6日，俄联邦政府颁布了《“莫斯科克里姆林宫”国家历史文化博物馆章程》，当年11月，又颁布了修订章程。