1806年3月10日，沙皇亚历山大一世颁发的“关于有序和完整管理及保存兵器库文物的条例”使工坊和兵器库作为博物馆的地位确立起来。博物馆的规划设计、工作人员组成，以及建馆主要活动都是由高级官员瓦卢耶夫负责完成的。沙皇的法令使克里姆林宫文物管理体系最终建立起来，成为克里姆林宫博物馆建立史上的转折点。可以说，正是法令中确定的条例规章使兵器库开始具备了博物馆的功能。

根据该法令，在没有沙皇特批的情况下，禁止出售或转让兵器库中的任何文物。展品的保存和挪动，之前流失文物的回收，以及工作人员管理等工作交由兵器库主管瓦卢耶夫负责。

由于博物馆功能的特殊性，其官员配置、办公、资金管理等方面的机构组成也具有特别之处。兵器库编制有主管、3个常任委员、办公厅主任及其助手、秘书、庶务官，以及14个负责技术和文物保护工作的人员。

沙皇还通过颁发圣旨任命兵器库的荣誉委员。获此殊荣的通常是著名的历史学家、文化名人和收藏专家。

1807年，根据瓦卢耶夫的倡议出版了一部图书，名为《莫斯科兵器库——古老俄罗斯博物馆的历史描述》。该书作者是博物馆第一位荣誉委员马利诺夫斯基。

1806年，博物馆开工建设。1812年，博物馆楼体建筑和内部装潢完成。然而，博物馆内第一批展品的布展工作却被不期而至的战争打断。

在拿破仑军队侵占莫斯科的危急关头，挽救国家珍贵文物免遭劫掠成为博物馆历史上的光辉一页。博物馆官员们将文物分装打包，秘密运往下诺夫哥罗德，然后又运至弗拉基米尔。1813年夏，这些珍贵文物被顺利运回莫斯科。

1814年，博物馆首次对公众开放，当时博物馆的主管是参政员，国家委员会委员，古玩爱好者和收藏家尤苏波夫大公。直至1831年8月，博物馆的组织机构和人员构成几乎没有变动过。