1885年末，皇宫事务部进行机构调整，撤销了莫斯科宫廷事务所，其职能交给新成立的莫斯科宫廷事务局。为了节省开支，事务局的人员编制大幅缩减。

自1886年1月开始，兵器库的工作人员全部并入莫斯科宫廷事务局编制，博物馆馆长和馆长助理职务取消，取而代之的是两个博物馆保管人的职务。

这一时期的莫斯科兵器库管理体系完全失去了在财政、行政，甚至是在纯粹的博物馆问题上的自主性。这必然会对博物馆的发展造成影响，使得兵器库与俄罗斯其他博物馆之间的联系也变得困难。尽管学术界对这些弊端提出异议，但该管理体系一直延续至1918年秋。

兵器库前馆长助理菲利蒙诺夫（至1893年）和恰耶夫（至1888年）出任兵器库保管人。此后，担任该职务的有建筑科学院院士帕夫利诺夫（1888-1898），科马罗夫斯基（1893-18989），特鲁托夫斯基（自1898年）和阿尔谢尼耶夫（1898-1919）。

保管人负责博物馆馆藏的保存和维护。这一时期，博物馆收藏品的研究工作得以继续进行，并出版了多卷册的藏品清单（1884-1893）。兵器库的许多研究人员都享有很高声誉：维克托罗夫、菲利蒙诺夫、帕夫利诺夫、特鲁托夫斯基、乌斯本斯基是莫斯科皇家建筑协会会员，其中特鲁托夫斯基还是莫斯科古钱币研究会会长。

第一次世界大战打乱了博物馆的工作。随着德军的推近，俄罗斯其它地方的博物馆陆续向兵器库转移文物，至11月兵器库被转移来的文物达2000多箱，共计文物10000多件。兵器库停止向公众开放，由于资金短缺兵器库的很多工作都被迫停止。

1917年“二月革命”激发了公众对莫斯科克里姆林宫宝藏的极大兴趣，知名历史学家和艺术家们计划将整个克里姆林宫打造成“博物馆之城”。然而，1917年秋发生的一系列重大事件，包括苏维埃政府迁至莫斯科和内战爆发，给克里姆林宫博物馆各项工作的开展带来了意想不到的新问题。

在1917年十月革命爆发时，兵器库管理者和工作人员完好保存了馆藏文物，在红色近卫军攻占克里姆林宫后，兵器库门口立即设起了保卫岗哨。

1917年2月至1918年秋，由于时局混乱，博物馆的部门归属问题已无从谈起。