1947年初，博物馆再次失去行政自主权。兵器库和教堂并称为莫斯科克里姆林宫历史文物和建筑物保管处，隶属于莫斯科克里姆林宫卫戍司令部。扎哈罗夫由原博物馆馆长改为保管处主任。博物馆完全失去财政、行政和干部任免的自主权。所有有关馆藏物品清点、保存、修复和陈列等问题都要经过与博物馆事务关联甚远的卫戍司令部批准。

1953年后，国家社会政治环境发生转变。1954年，克里姆林宫开始筹划对公众自由开放。1955年夏，克里姆林宫迎来首批参观者，从此博物馆踏上了复兴之路。

1954年，由博戈亚夫连斯基和诺维茨基主编的学术作品集《莫斯科克里姆林宫国家兵器库》出版，其中收录了兵器库科研人员戈尔杰耶夫和那些在迫害时期被辞退的科研工作者的文章。这本书对于研究博物馆馆藏物品具有巨大意义，直至今天仍不失为一部具有重要现实意义的科学专著。

50年代中期，克里姆林宫兵器库和教堂开始陈列新展品，并制定参观规划，博物馆人员编制也大幅增加，这些都为1960年4月博物馆发生根本性变革做好了准备。