После неожиданной смерти старшего брата Ивана в 1581 году царевич Фёдор был объявлен наследником престола. Иван Грозный взял с бояр особое обещание, что они не будут желать в цари никого, кроме его сына. Иван Грозный скоропостижно скончался 19 марта 1584 г. Двадцатисемилетний Фёдор Иоаннович сразу же был провозглашен царём, а 31 мая 1584 года торжественно венчался на царство в Успенском соборе Московского Кремля. Ему были вручены царские бармы и золотая цепь. После возложения на голову нового царя шапки Мономаха, ему был передан царский скипетр. Затем митрополит помазал его миром (особым маслом), таким образом, именно Фёдор первым по праву назывался «помазанником Божьим». В день венчания на царство нового государя Борис Годунов получил высший чин конюшего и звание ближнего великого боярина.

Современники писали о малой способности Федора Ивановича к царствованию. Иван Грозный, не питая иллюзий относительно возможностей своего сына к управлению государством, создал при нем регентский совет. Хотя данные источников разнятся, вероятнее всего, в его состав вошли представители знати – князья Иван Федорович Мстиславский и Иван Петрович Шуйский, дядя Федора Иоанновича – боярин Никита Романович Юрьев и Борис Федорович Годунов. Первоначально главную роль в регентском совете играл Никита Романович Юрьев, а после его смерти в 1586 г. – Борис Годунов.

При Фёдоре Иоанновиче укреплялись границы государства. Зодчий Фёдор Конь возвел стены Белого города в Москве (на их месте потом появилось Бульварное кольцо). В 1592 году на месте современного Садового кольца была построена ещё одна линия укреплений, прозванная за быстроту постройки «Скородомом». Фёдор Конь выстроил и мощную крепость в Смоленске. На южных границах были возведены новые оборонительные укрепления — крепости Самара, Саратов, Воронеж, Царицын. В Сибири были основаны Тюмень, Тобольск, Сургут, на севере — Архангельск. В ходе русско-шведской войны были возвращены прибалтийские земли, потерянные в период правления Ивана Грозного.

В 1589 году глава русской церкви получил титул патриарха. Учреждение патриаршества стало важной вехой в истории не только Русской церкви, но и всей страны. Это значительно возвысило авторитет России на международной арене.

В 1575 году Федор Иванович женился на Ирине Годуновой, сестре Бориса Годунова. Брак царя с Ириной был залогом неограниченного влияния Годунова на молодого государя. Брак царской четы был счастливым, его омрачало лишь отсутствие детей. Этот факт давал в руки противников Годуновых сильное оружие. Но Федор Иванович любил и уважал свою супругу, поэтому все попытки бояр расторгнуть их брак не увенчались успехом. Царь отвергал все их прошения об этом.

В 1592 году царица Ирина родила девочку – царевну Феодосию, но она скончалась в 1594 году, не дожив до двух лет. После её смерти у царя Фёдора Ивановича наследников не осталось. Наступил закат династии Рюриковичей.