В январе 1598 года сорокадвухлетний царь Фёдор Иоаннович скончался, не оставив наследника. Прервалась династия Рюриковичей, правившая на Руси более семисот лет. Царицу Ирину пытались уговорить стать правительницей государства или повлиять на Бориса Годунова, чтобы он принял царский сан. Но безрезультатно. Царица Ирина на девятый день после смерти мужа удалилась в Новодевичий монастырь, и приняла постриг под именем Александры. Борис отправился вместе с ней. Временным правителем страны стал патриарх Иов как первое лицо в государстве после царя. По решению патриарха Иова и бояр был созван Земский собор для избрания нового самодержца. В Москву приехало более пятисот представителей разных городов и земель и 17 февраля 1598 г. Земский собор начал свою работу. В качестве претендентов на трон называли и двоюродных братьев покойного царя бояр Романовых, и главу Думы князя Фёдора Ивановича Мстиславского. В результате на престол был избран Борис Годунов, чью кандидатуру активно поддерживал патриарх Иов. За Бориса выступили меньшие бояре, стрельцы и почти вся чернь.

Дважды – 20 и 21 февраля – делегация Земского собора отправлялась в Новодевичий монастырь, чтобы просить Бориса принять царский скипетр. Борис долго не соглашался, ему даже угрожали отлучением от церкви за отказ стать царем. Наконец, он согласился, и тот же день, 21 февраля, в Новодевичьем монастыре Борис, получив благословение сестры, был «наречен царем».

Через неделю состоялся праздничный молебен в Успенском соборе Кремля, и по всей стране были разосланы грамоты о молении за нового государя и его семью. Однако Борис проявил осторожность, многие члены Боярской Думы не согласились с его избранием, обстановка в Москве была неспокойной. Поэтому он не торопился с возвращением в столицу. Лишь в конце апреля он окончательно поселился в царских хоромах. Но церемонию венчания на царство Борис Годунов отложил до осени, надеясь к этому времени сломить сопротивление своих противников.