Годунов не мог принять царского венца без санкции Боярской думы, высшего государственного органа. «Великородные бояре» решительно отказывались признать права Годунова на трон. Но при этом они никак не могли преодолеть собственные разногласия. Это обессилило Думу. Позиции же Бориса Годунова укреплялись с каждым днем, благодаря поддержке и деятельности патриарха Иова и Дмитрия Ивановича Годунова.

Авторитет Бориса Годунова усилился после летней военной кампании 1598 г. Оборона южных границ, откуда Москве и её окрестностям угрожала постоянная опасность, была одной из главных задач государства и царя. Поэтому в мае - июне 1598 года Борис Годунов возглавил войско, которое отправилось на Оку. Разведка не доносила о наличии серьёзной угрозы со стороны крымского хана, но Борис решил лично встать во главе армии, ведь смена государя очень часто приводила к началу новой войны. Выходя в поход, он произвёл смотр всего войска, которое впервые близко увидело нового царя. Перед началом похода воинам было выплачено жалованье, что должно было привлечь их на сторону Бориса. В мае 1598 года царь в сопровождении всех знатнейших бояр выехал из Москвы и отправился в Серпухов и «шатры свои государевы велел поставити на лугу на реке на Оке». Узнав о том, что новый царь лично прибыл на границу, крымский хан предпочел не воевать, а отправить к нему посольство. Мирное решение позволило распустить войско в конце июня. Все радовались, что враги этим летом на русских рубежах так и не появились, это повысило престиж Бориса Годунова.

В военные походы царь брал с собой большую оружейную казну. В собрании Оружейной палаты сохранилось богато украшенное седло царя Бориса, а также байдана XVI века — доспех с круглыми плоскими кольцами, один из типов кольчуги. Байдана уникальна тем, что на каждом кольце её вырезана надпись: «С нами Бог, никто же на ны».