Встречавшиеся с Борисом Годуновым иностранцы запечатлели в своих мемуарах его портрет. Среди них были и доброжелатели правителя – такие, как англичанин Джером Горсей или немец Конрад Буссов, и враждебно настроенные к нему мемуаристы – например, голландец Исаак Масса. Стремясь к объективности, иностранные авторы отмечали исключительность дарований Бориса Федоровича Годунова. Об этом же писали и соотечественники, также считавшие его выдающимся человеком, который был «зело преизрядною мудростию украшен и саном паче всех и благим разумом превосходя».

Первые годы царствования Бориса Годунова были лучшим временем его правления. Для защиты южных границ основная часть армии была размещена в Туле, передовые части — в Мценске и Орле. В защищённых от набегов городах началось строительство посадов, новые законы облегчили жизнь горожан. «И потом утвердися его рука на всем Московском царстве, и начата ему верно служити от мала до велика», — писал один из современников. При царе Борисе продолжался обмен посольствами с европейскими странами, все зарубежные правители признали его законным царём.

На службу в Москву ехали многочисленные иностранные специалисты. Царь Борис приглашал иностранных «мастеровых» людей – «дохторов, оптекарей, рудознатцев, которые знают находити руду золотую и серебряную, часовых дел мастеров». Русские дворяне были впервые отправлены в Западную Европу, в частности в Англию и в ганзейский город Любек, учиться разным наукам. Более того, по свидетельству иностранных мемуаристов, царь Борис якобы имел планы учреждения в России школ и даже университета по европейским образцам. При его правлении власти проявляли заботу о распространении книгопечатания, вследствие чего во многих городах были открыты типографии.

Здоровье царя резко ухудшилось в конце 1600 г. Царь Борис Федорович ясно осознавал, что в случае его скорой смерти малолетний царевич Федор вряд ли сможет удержать трон. Болезнь Годунова подала боярам Романовым, его основным соперникам в борьбе за трон в 1598 г., надежду на власть. Борис решил избавиться от возможных конкурентов на престол. В 1601 году Романовы были обвинены в заговоре с целью отравить царя. Старшего из братьев Фёдора Никитича разлучили с семьей и насильно постригли в монахи под именем Филарета.

Другие три брата попали в ссылку, где они умерли из-за тяжёлых условий. Только последнего из них, Ивана Никитича, Борис Годунов вернул и разрешил жить в своём селе. Опала постигла также друзей и родственников Романовых: князей Бориса Черкасского и Ивана Сицкого отправили в ссылку. Попал в немилость и бывший друг царя Бориса боярин Бельский, отправленный из Москвы на южные границы для строительства новых крепостей. Разгром романовского клана не мог пройти бесследно для Бориса Годунова, возродив вражду бояр к нему.

Очередным испытанием для годуновского царствования стал страшный голод, который страна пережила с 1601 по 1603 г. Современники считали, что за это время вымерла треть Московского царства. К голоду присоединилось моровое поветрие и холера. За ними последовали разбои и грабежи. «Разбойные шайки» состояли преимущественно из холопов, которых выгоняли из своих поместий господа, не имея возможности кормить их во время голода. «Воровские люди» хозяйничали повсюду, угрожая и столице. Эти события современники восприняли как наказание за грехи, прежде всего, самого царя, ответственного за своих подданных.