В последние годы жизни Борис Годунов часто болел. Тринадцатого апреля 1605 года царя неожиданно постиг удар, и он в тот же день скончался. Перед смертью он благословил на царство своего сына, а затем принял монашеский постриг под именем Боголеп. Его похоронили в Архангельском соборе – усыпальнице русских государей, рядом с гробницей его предшественника царя Фёдора Иоанновича.

Русским государем был провозглашен шестнадцатилетний Фёдор Борисович, чьё правление стало самым коротким в истории России. Он был хорошо подготовлен отцом в делах дипломатических и придворных, но не военных. После погребения отца юный царь остался в Москве и начал готовиться к венчанию на царство. В это время войско самозванца все ближе подходило к столице. Федор Борисович и его правительство проявило нерешительность перед лицом военной угрозы со стороны Лжедмитрия, бояре увидели в новом претенденте на престол шанс избавиться от Годуновых. А народ давно уже винил во всех своих бедах Годуновых и искренне поверил в чудесное спасение «истинного царя». Судьба сына Бориса Годунова была предрешена. В июне заговорщики арестовали Фёдора Борисовича, его сестру и мать. Через несколько дней Фёдор и царица Мария Григорьевна были убиты, в живых осталась только царевна Ксения.

Самозванец, не встретив никакого сопротивления, вступил в Москву. На его пути к трону уже никто не стоял. Он был венчан на царство под именем царя Дмитрия Ивановича. По приказу нового царя тело Бориса Годунова было вынесено из царской усыпальницы Архангельского собора. Бориса Годунова, его жену и сына похоронили в монастыре на Лубянке. Однако всего через год самозванец тоже был убит, и в 1606 году новый царь Василий Шуйский приказал с почетом перезахоронить царскую семью Годуновых в Троице-Сергиевом монастыре. Тела родных провожала Ксения Борисовна, принявшая монашеский постриг под именем Ольга. В 1622 году её саму похоронили рядом с семьей.

События, известные как Смутное время, закончились только в 1613 году с избранием на престол нового царя Михаила Федоровича Романова.